La conquista de territorios se basaba en la doctrina papalista, que argumentaba que el Papa, como representante de Dios en la tierra, poseía un poder ilimitado sobre todos los hombres y sólo reconocía como sociedad legitima a aquella compuesta por la congregación de los fieles. En este contexto, el Papa tenía derecho a disponer de aquellos territorios o estados considerados ilegítimos y delegar su dominio a un príncipe cristiano, quien podía esclavizar a su población en caso de que ésta se negase a la conversión al cristianismo.
Esta doctrina papalista matizaba la existencia de dos grupos de no cristianos.
Los infieles, compuestos por los judíos y musulmanes, que negaban la existencia del Dios cristiano y contra los cuales era lícita la cruzada militar, y los paganos, que desconocían la doctrina de Cristo, y con los cuales se imponía una tarea evangelizadora y, en caso necesario, una acción militar.
Entre los siglos XIII y XV por la influencia de pensadores como Juan de Paris, Guillermo de Ockam y Marsilio de Padua se plantea una teoría, contraria a la papal, en la que se propugnaba que el Papa sólo poseía un poder espiritual sin atribuciones políticas. En definitiva, proponía que todas las sociedades eran legítimas independientemente de que fueran o no cristianas; obviamente este pensamiento no tuvo especial relevancia en su época.
Sin embargo, el Papa desempeñó más bien un papel de juez en las distintas disputas jurisdiccionales internacionales, como fue el caso de las rivalidades entre Castilla y Portugal, que dieron lugar a una serie de bulas papales. La primera, en 1433, concedía el derecho sobre el Archipiélago Canario a D.
Enrique el Navegante, príncipe de Portugal. Posteriormente la bula de 1436 reconocía el pleno derecho de Castilla sobre el Archipiélago en detrimento de los portugueses. A pesar de ello, el conflicto entre castellanos y portugueses se mantuvo vivo, como lo pone de manifiesto los distintos intentos de conquista de las Islas Canarias por los portugueses. Sin embargo, este clima de enfrentamiento concluye con el tratado de Alcaçovas en 1479, donde los portugueses reconocían el derecho de los castellanos a las Islas y los castellanos la soberanía portuguesa sobre Fez y Guinea.
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